Budowa najbardziej optymalnej pod względem kosztów biogazowni wiąże się z wieloma czynnikami, które należy rozpatrzyć i przeanalizować przed przystąpieniem do realizacji projektu. Należy zwrócić uwagę m.in. na: dobór technologii biogazowej, plan zagospodarowania terenu, kształt silosów na kiszonkę, konstrukcję zbiorników, magazynowanie pulpy pofermentacyjnej, dobór agregatów kogeneracyjnych czy sposób zarządzania projektem